Сюжет у Prototype будет весьма условным. В том смысле, что разработчики делают ставку на геймплей. В ходе одного секретного эксперимента Алекс Мерсер (Alex Mercer) – главный герой повествования – получает нечеловеческую силу и способности и, по всей вероятности, окончательно потеряв рассудок, начинает применять свою силу в дурных целях.
Фундаментом игровой механики выступает безостановочный экшен, завязанный на постоянном истреблении людей, разрушении зданий и собирательстве душ убиенных. Среди отличительных черт геймплея присутствует система «свободного» перемещения по городу, какую мы видели в недавнем Crackdown или в любой части GTA. Также разработчики обещают создать кооперативный режим прохождения для двух человек, благодаря которому крушить местный город будет еще веселее и увлекательнее.